΄Ενα πλούσιο αρχαιολογικό υλικό, το οποίο έχει συγκεντρωθεί από ανασκαφές, αλλά και από συλλογές και δωρεές, αποτέλεσε μία συλλογή στην οποία καταγράφεται με σαφήνεια η ιστορική πορεία του δυτικότερου νομού της Κρήτης από τα παλαιοχριστιανικά χρόνια έως και την τουρκοκρατία.
Αντιπροσωπευτικά δείγματα αυτής της συλλογής εκτίθενται στο ναό του San Salvatore, στον προμαχώνα της βόρειο - δυτικής γωνίας των ενετικών οχυρώσεων, ο οποίος πήρε το όνομά του ακριβώς από το ναό και τη Μονή του San Salvatore.
Στόχος της παρουσίασης αυτού του υλικού είναι η σκιαγράφηση της ιστορικής και της καλλιτεχνικής φυσιογνωμίας του Νομού Χανίων κατά τους βυζαντινούς και μεταβυζαντινούς χρόνους.
Τα εκθέματα ομαδοποιήθηκαν κατά είδος σε ενότητες: ψηφιδωτά, επιτύμβιες επιγραφές, τοιχογραφίες, εικόνες, αρχιτεκτονικά γλυπτά, έργα κεραμικής και μικροτεχνίας, νομίσματα.
Τα έργα της κάθε ενότητας παρουσιάζονται σε χρονολογική διαδοχή.
Χάρτες και επεξηγηματικοί πίνακες κατατοπίζουν τον επισκέπτη σχετικά με την προέλευση των εκθεμάτων και το ιστορικό πλαίσιο της εποχής τους.