Το Μελιδόνι είναι κτισμένο στις Β.Α. προσβάσεις των Λευκών Ορέων σε υψόμετρο 451 και έχει θέα μαγευτική, αφού το μάτι δεν χορταίνει να απολαμβάνει ένα ατέλειωτο ορίζοντα. Η περιοχή έχει κατοικηθεί από τα αρχαία χρόνια, αν και τα απομεινάρια της ανθρώπινης παρουσίας στην περιοχή είναι περιορισμένα. Μετά την ανάκτηση της Κρήτης από τους Βυζαντινούς και τον ερχομό των 12 Αρχοντόπουλων, που απλώθηκαν σε όλο το νησί και τόνωσαν το εθνικό φρόνημα, κύριος μεγάλης κτηματικής έκτασης στην περιοχή του χωριού έγινε κάποιος με το επώνυμο Μελιδόνης. Δυστυχώς δεν γνωρίζομε τον αρχοντικό οίκο στον οποίο ανήκε, αφού η προφορική παράδοση διέσωσε μόνο το τοπωνύμιο «στου Μελιδόνη τα χωράφια».
Σε αυτά τα χωράφια κατέβηκαν από τις Χώσες των Λευκών Ορέων οι αδελφοί Γιώργης και Σήφης Μανούσακας ή Κόκκινοι (επειδή τα πρόσωπα τους ήταν κατακόκκινα από τον ήλιο) από την Ίμπρο, για να βοσκήσουν τα πρόβατα τους και να περάσουν το καλοκαίρι τους, εκεί κάπου στα 1700. Εκείνη την εποχή ο τόπος του σημερινού χωριού δεν κατοικούνταν (ίσως να καταστράφηκε κατά την κατάκτηση του νησιού από τους Τούρκους). Έτσι οι συγχωριανοί τους όταν ρώτησαν που είναι και γιατί δεν γύρισαν στην Ίμπρο, έμαθαν ότι οι Κόκκινοι θα ξεκαλοκαίριαζαν στου Μελιδόνη τα χωράφια. Αυτό επαναλήφθηκε και τα επόμενα καλοκαίρια, αφού ο τόπος ήταν καλύτερος σε σύγκριση με τα φτωχά χώματα της Ίμπρου. Σιγά-σιγά οι Σφακιανοί βοσκοί κατοίκησαν μόνιμα και δημιούργησαν ένα οικισμό ,που έμεινε στους μεταγενεστέρους σαν Μελιδόνι. Τα πρώτα επτά σπίτια του οικισμού δημιουργήθηκαν από τα 4 αγόρια του Σήφη Μανούσακα (Κόκκινου) και από τα 3 αγόρια του Γιώργη Μανούσακα. Το 1832 οι οικογένειες ανέρχονται σε 20 μια και οι απόγονοι των πρώτων οικιστών έφεραν νύφες και γαμπρούς από άλλα χωριά. Ακόμη εδώ εγκαταστάθηκαν και κάποιοι τρίτοι από περιοχές του Νομού Χανίων, που για διάφορους λόγους βρήκαν ασφαλές καταφύγιο στο ορεινό χωριό. Το 1867 το χωριό ανήκει στο Νομό (Λιβά) Σφακίων και στην επαρχία (Καζά) Αποκορώνου, ενώ το 1881 έχει 259 κατοίκους και συγκροτεί μαζί με 13 ακόμη χωριά το νεοσύστατο Δήμο Φρε. Μέχρι το 1940 η αύξηση των κατοίκων είναι συνεχής, αλλά από τότε έχουμε μια φθίνουσα πορεία. Στα χρόνια της σχετικά μικρής ιστορικής διαδρομής το Μελιδόνι ανέδειξε σημαντικούς αρχηγούς που ηγήθηκαν των επαναστάσεων κατά των Τούρκων και καταξίωσαν το χωριό σε καπετανοχώρι. Ο πρώτος ήταν ο Ιωσήφ Κωνσταντουδάκης (εγγονός του Ιωσήφ Μανούσακα-Κόκκινου) που έμεινε στην ιστορία σαν Σήφακας, λόγω της σωματικής διάπλασης-ρώμης. Η ηγετική φυσιογνωμία και η μεγάλη δράση του κατά την επανάσταση του 1821 τον έκανε γνωστό στο Πανελλήνιο. Σε σημαντική φυσιογνωμία αναδείχτηκε και ο μικρότερος αδελφός του Σήφακα ο Αντώνης ,που ηγήθηκε όλων των εξεγέρσεων και ευτύχησε να δει την Κρήτη ελεύθερη.Μια ακόμη σημαντική προσωπικότητα ήταν ο Μανουσοσήφης, δεύτερος ξάδελφος των Κωνσταντουδάκηδων.
Σύμφωνα με τον Ψιλάκη : <<..διατελών αρματωλός προ του 1821,παρέσχε την ένοπλον συνδρομήν του... μα τη ενάρξει της επαναστάσεως του 1821 ανεκηρύχθη οπλαρχηγός των ομοχωρίων του και ως τοιούτος διεκρίθη εις πλείστας μάχας. Μετά την προσωρινήν καταστολήν της εν Κρήτη επαναστάσεως υπό του στρατού της Αιγύπτου κατέφυγεν μετά πολλών Κρητών εις Πελοπόνησον και αφού συμμετέσχε εκεί εις πολλάς μάχας έπεσεν μετά 43 οπαδών του μαχόμενος εις Σφακτηρίαν...>>.Tέλος σε σπουδαία μορφή αναδείχτηκε και ο Ανδρέας Κακούρης, που έλαβε μέρος στην επανάσταση του Θερίσου και θάφτηκε με τιμές στρατηγού το 1916.Το Μελιδόνι έδωσε το αγωνιστικό του παρόν σε όλους τους αγώνες του έθνους μας, πάντα στα πλαίσια των πληθυσμιακών του δυνατοτήτων Οι σημερινοί του κάτοικοι χαρακτηρίζονται για την επιμονή τους να παλεύουν την πατρώα γη και να την αναγκάζουν να καρπίζει. Έτσι ο επισκέπτης μένει κατάπληκτος βλέποντας τους ελαιώνες να φτάνουν μέχρι ψηλά στη Μαδάρα. Ακόμη εντυπωσιάζεται από το πλήθος των αγροτικών δρόμων, που υπάρχουν σε όλο τον ορεινό όγκο και από την πληροφορία ότι με προσωπική εργασία όλων των Μελιδονιανών διανοίχτηκε το 1958 ο αμαξιτός δρόμος, που ένωσε τα Πεμόνια με το Μελιδόνι και έβγαλε το χωριό από την απομόνωση. Από τα σπήλαια που βρίσκονται στην περιοχή του χωριού και αποτελούν αντικείμενο εκτεταμένης έρευνας τα τελευταία χρόνια από ξένες αποστολές , ξεχωρίζουν το Μαύρο Σκιάδι και ο Γούργουθας.