Πρόκειται για μια αναπαράσταση του πρώτου δημόσιου Χημείου του Κράτους, το οποίο ιδρύθηκε στα Χανιά το 1900 με πρωτοβουλία του Ιωάννη Βαμβακά.
Το κτίριο κατά την διάρκεια του Β Παγκοσμίου Πολέμου βομβαρδίστηκε με αποτέλεσμα πολλά από τα εκθέματα να χαθούν ενώ κάποια κατόρθωσαν να τα διασώσουν μέσα από τα ερείπια και σήμερα εκτίθενται στο χώρο του Χημείου.
Στο μουσείο Χημείας Κρήτης, ο επισκέπτης μπορεί να δει ακόμη, χημικά αντιδραστήρια, συσκευές αποστάξεως και μετρήσεως, θερμόμετρα πυκνόμετρα και μικροσκόπια.
Τα αντιδραστήρια είναι γυάλινα, ενώ τα περισσότερα από τα σκεύη και τα όργανα είναι μπρούτζινα.
Αξίζει να σημειωθεί πως, μια από τις αίθουσες είναι αφιερωμένη στον πρωτεργάτη Ιωάννη Βαμβακά, όπου εκεί οι επισκέπτες μπορούν να θαυμάσουν την βιβλιοθήκη με τα παλιά βιβλία της Χημείας, καθώς και το διάταγμα (με το νούμερο 143 ) της Κρητικής Πολιτείας του 1900, που φέρει την υπογραφή του Ύπατου Αρμοστή της Κρήτης, Πρίγκιπα Γεώργιου, βάσει του οποίου θεσμοθετήθηκε η λειτουργία του Χημείου.