Ο χώρος όπου οικοδομήθηκε η εκκλησία της Ευαγγελίστριας ήταν ανοικτός και στα νότια του βρισκόταν ο στάβλος του τουρκικού ιππικού, «ο κισλάς», που μετά την αναχώρηση των Τούρκων στέγαζε τη Ρωσική Χωροφυλακή. Το οικόπεδο παραχωρήθηκε από την Κρητική Πολιτεία για την ανέγερση ενός μεγάλου ενοριακού ναού που θα εξυπηρετούσε τις ανάγκες της περιοχής των Φακωθιανών. Η Κρητική Πολιτεία παραχώρησε μεν το χώρο αλλά δεν μπορούσε να διαθέσει ούτε δραχμή για την ανέγερση του ναού. Με εράνους, λαχεία και διάφορες δωρεές συγκεντρώνεται ένα ικανό ποσόν και ο μηχανικός του Δημοσίου Μιλτιάδης Μυλωνάς δωρίζει τα απαιτούμενα σχέδια για την ανέγερση του.
Στις 8 Οκτωβρίου 1908, με την παρουσία του Αλεξάνδρου Ζαΐμη, θεμελιώνεται η εκκλησία της Ευαγγελίστριας και προχωρεί η ανέγερση μέχρι τη στέψη της πρόσοψης. Αρχίζει πλέον το δυσκολότερο μέρος του έργου, η στέγαση και τα καμπαναριά που απαιτούν και πολλά χρήματα. Τότε γίνεται η σκέψη να επεκταθεί ο έρανος στο εξωτερικό και κυρίως στις ορθόδοξες χώρες τις Ευρώπης και στην Αμερική όπου έχουν αρχίσει να ριζώνουν οι πρώτοι Κρήτες μετανάστες. Γι'' αυτό ο Χαλεπιανός Γεώργιος Παπαδογιαννάκης, αφού εφοδιάστηκε με τα κατάλληλα έγγραφα ξεκίνησε για τη Ρωσία και τις άλλες χριστιανικές χώρες της Ευρώπης.
Τα αποτελέσματα αυτής της εξόρμησης υπήρξαν καταπληκτικά. Εκτός από χρήματα ο Παπαδογιαννάκης έφερε και ωραιότατα εκκλησιαστικά είδη, κυρίως από τη Ρωσία, όπως το μεγάλο κεντρικό πολυέλαιο, τη μεγάλη καμπάνα, τον επιτάφιο και άλλα πολύτιμα σκεύη. Η κατασκευή συνεχίστηκε ύστερα από μετάβαση του Παπαδογιαννάκη και στην Αμερική για τη συγκέντρωση των χρημάτων. Ο Ναός της Ευαγγελίστριας είναι ο μεγαλύτερος των Χανίων, κτίστηκε σε σταυροειδή μορφή με τρούλο και έχει έντονο το νεοκλασικό στοιχείο.
Οι τοίχοι φτιάχτηκαν από λαξευτή πέτρα με διακοσμητικά αρχιτεκτονικά στοιχεία. Η μελέτη και η επίβλεψη της κατασκευής του τρούλου και των καμπαναριών ανατέθηκε στον αρχιτέκτονα Αναστάσιο Λογοθέτη από τη Σύρο που είχε μυηθεί, στο εξωτερικό, στα μυστικά του τότε νεοεμφανιζόμενου μπετόν. Έτσι η αναδομή και το τέμπλο έγιναν από τσιμέντο, υλικό που χρησιμοποιήθηκε τότε για πρώτη φορά στην Κρήτη.
Στις 12 Αυγούστου 1923 η εκκλησία της Ευαγγελίστριας Φακωθιανών στη Χαλέπα εγκαινιάστηκε από τον Επίσκοπο Χανιών Αγαθάγγελο Νινολάκη.