Ενοριακός ναός που βρίσκεται στην ομώνυμη συνοικία.
Από τον Π. Καστροφύλακα (1583) αναφέρεται συνοικία των Αγίων Αναργύρων, ενώ στην απογραφή του 1637 ο ναός των Αγίων Αναργύρων και Σάββα αναφέρεται ως ενοριακός και ανήκει στους ιερείς Δαμιανό και Εμμανουήλ Φασουλάδες με το σεβαστό ετήσιο εισόδημα των 1000 υπερπύρων.
Παρά το μικρό μέγεθος του, σημειώνεται στις περισσότερες από τις απεικονίσεις της πόλης. Μετά την άλωση των Χανιών από τους Τούρκους το 1645, είναι ο μόνος ορθόδοξος ναός μέσα στην πόλη που παραμένει σε λειτουργία ως τα μέσα του 19ου αιώνα και χρησιμοποιείται ως καθεδρικός του επισκόπου Κυδωνίας, ο οποίος επανέρχεται στην αρχαία έδρα του μετά από απουσία τεσσάρων περίπου αιώνων. Γύρω από το ναό θα συγκεντρωθούν και οι περισσότερες από τις δραστηριότητες της χριστιανικής κοινότητας όπως τα σχολεία, φιλανθρωπικά ιδρύματα, η κατοικία του επισκόπου και άλλα.
Τα περισσότερα από τα εντυπωσιακά αυτά κτίσματα εξακολουθούν να περιβάλλουν ακόμη το ναό δίνοντας την αίσθηση της ατμόσφαιρας εκείνης της εποχής με την εσωστρέφεια με την οποία λειτουργούσε η χριστιανική κοινότητα στα χρόνια της Τουρκοκρατίας.
Ο ναός αποτελείται από τρεις χώρους, από τους οποίους ο νότιος αποτελεί πρόσφατη επέκταση στο χώρο του Βενετσιάνικου αρχοντικού, στο οποίο ήταν ενσωματωμένος αρχικά ο ναός, πιθανότατα ιδιωτικό παρεκκλήσι. Από τις εργασίες αναστήλωσης διαπιστώθηκε ότι πρώτα κτίστηκε το μικρότερο, καμαροσκέπαστο, ανατολικό τμήμα και στη συνέχεια έγινε μια όμοια επέκταση προς τα δυτικά.
Μετά προστέθηκε ένα μεγαλύτερο μονόχωρο κλίτος στη βόρεια πλευρά. Αργότερα, έγινε μια ακόμη επέκταση προς την κατοικία που υπήρχε στη νότια πλευρά. Ο διάκοσμος του ναού στο μεγαλύτερο μέρος του χρονολογείται ανάμεσα στο 1837 και το 1841, χρονολογίες που υπάρχουν στο επιχρυσωμένο ξυλόγλυπτο τέμπλο του ναού.
Κατά τις πρόσφατες εργασίες συντήρησης αποκαλύφθηκε η αρχική αφιερωτική επιγραφή, που αναφέρει ως αφιερωτές το Βενετσιάνο Ρέκτορα των Χανίων Nicolaus Venerio και το Γεώργιο Σταυριανό.
Τις εικόνες ζωγράφισε γύρω στα 1625 ο Χανιώτης ιερομόναχος Αμβρόσιος Έμπορος, ο πρώτος από μια σειρά ζωγράφους της δυτικής Κρήτης που επηρεάζεται έντονα από τις φλαμανδικές χαλκογραφίες. Τις εικόνες αφιέρωσαν ο Βενετσιάνος αξιωματούχος και οι ντόπιοι πολίτες στο νέο τοπικό Άγιο Ιωάννη Ερημίτη, στον οποίο είχαν στηρίξει τις ελπίδες τους για προστασία από την Τουρκική απειλή.